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软件文章

标准

软件文章应该描述一种可能具有广泛用途的工具,它代表了比以前发布的软件的重大进步(通常通过与可用的相关软件的直接比较来证明)。

向审阅者和其他研究人员提供软件的可用性
手稿中描述的软件应用程序/工具必须以匿名的方式供审稿人测试。如果发布了软件应用程序/工具,任何希望将其用于非商业目的的研究人员都必须免费获得,不需要签署物质转让协议等限制。因为网络链接经常中断,亚博快三规律强烈建议所有软件应用程序/工具作为附加文件包含在提交的手稿中,以确保软件将继续可用。

亚博快三规律建议,但不要求,软件的源代码应该在适当的开源许可下提供,这将使其他研究人员有权进一步开发和扩展软件,如果他们希望这样做。通常情况下,软件当前版本的源代码档案应包括在提交的手稿中作为补充文件。由于该软件很可能会在出版后继续开发,手稿还应该包括一个链接到该软件项目的主页。对于开源项目,我们建议作者使用一个公认的开源存储库来托管他们的项目,例如bioinformatics.orgsourceforge.net

网站的描述应该作为软件文章还是数据库文章提交?
网站和基于网络的工具的描述应作为软件文章提交,如果意图是驱动网站的软件将可供其他研究人员扩展和在其他网站上使用。另一方面,如果一个网站的功能与一个特定的数据库紧密相关,那么文章应该作为数据库文章提交。

准备你的手稿

以下信息详细介绍了您在稿件中包含的部分标题以及每个部分应在每个部分中的信息。

请注意,你的手稿必须包括一个“声明”部分,包括所有的副标题(请参阅下面的更多信息)。

封面

标题页应该:

  • 提出一个标题,包括(如果合适的话)研究设计,例如:
    • “A vs . B治疗C:一项随机对照试验”,“X是Y的一个危险因素:一项病例对照研究”,“X因素对Y的影响:一项系统评价”
    • 或者对于非临床或非研究的研究:对文章所报道内容的描述
  • 列出所有作者的全名和机构地址
    • 如果需要将协作组列为作者,请将组名列为作者。如果您希望通过个人PubMed记录搜索到小组成员的姓名,请按照下面的说明在“鸣谢”部分包括这些信息
  • 表示相应的作者

摘要

摘要不应超过350字。请尽量减少使用缩写,并在摘要中没有引用引用。摘要必须包括以下单独的部分:

  • 背景:研究的背景和目的
  • 结果:主要研究结果
  • 结论:简要概述和潜在的影响

关键词

三到十个关键词代表文章的主要内容。

背景

背景部分应解释相关的上下文和所描述的软件旨在解决的具体问题。

实现

这应该包括软件实现的整体架构的描述,以及任何关键问题的细节以及它们是如何被处理的。

结果

这应包括研究结果,酌情包括必须列入文本或以表格和数字形式的统计分析结果。本节可以与软件文章的讨论部分结合使用。

讨论(如果合适的话)

应描述用户界面,并且应该包括软件的预期用途以及所设想的好处,以及关于其性能和功能如何与功能相似的现有软件上的性能和功能的数据。可以提出对软件使用的案例研究。应该提到计划未来的新功能的发展,如果有的话。

结论

这应该清楚地说明主要结论,并解释所报告的案件、数据、意见、数据库或软件的重要性和相关性。

可用性和要求

列出以下内容:

项目名称:我的生物信息学项目
项目主页:例如http://sourceforge.net/projects/mged.
操作系统:如平台无关的
编程语言:例如java.
其他需求:例如:Java 1.3.1或更高版本,Tomcat 4.0或更高版本
许可:例如GNU GPL、FreeBSD等。
非学术界使用的任何限制:如许可证需要

的缩写列表

如果在文本中使用缩写,则应在第一次使用中的文本中定义,并且应提供缩写列表。

宣言

所有稿件必须在标题“声明”下包含以下部分:

  • 伦理批准和同意参与
  • 同意出版物
  • 可用性数据和材料
  • 相互竞争的利益
  • 资金
  • 作者的贡献
  • 致谢
  • 作者的信息(可选)

请参阅下面的详细信息将包括在这些部分。

如果任何部分与您的手稿无关,请包括标题和写“不适用”的部分。

伦理批准和同意参与

稿件报告涉及人体参与者,人类数据或人类组织的研究必须:

  • 包括关于道德批准和同意的陈述(即使在放弃批准的情况下)
  • 包括批准该研究的伦理委员会的名称,如果合适,委员会的参考编号

涉及动物的研究必须包括一份关于伦理批准的声明,对于涉及客户拥有的动物的实验研究,作者还必须包括一份关于客户或所有者知情同意的声明。

看到我们的编辑政策了解更多信息。

如果您的手稿没有报告或涉及任何动物或人类数据或组织的使用,请在本节中注明“不适用”。

同意出版物

如果你的手稿包含任何形式的个人数据(包括任何个人细节、图像或视频),发表必须获得该个人的同意,如果是儿童,则必须获得其父母或合法监护人的同意。所有提交的病例报告必须得到同意才能发表。

您可以使用您的机构同意书或我们的同意书如果你喜欢。您不应在提交表格时将其发送给我们,但我们可以在任何阶段(包括发表后)要求查看副本。

看到我们的编辑政策有关同意发布的更多信息。

如果您的稿件不包含任何个人的数据,请在本节中说明“不适用”。

可用性数据和材料

所有稿件必须包括“数据和材料的可用性”声明。数据可用性陈述应包括有关支持文章中报告的结果的数据的信息,包括在研究期间分析或生成的公开存档数据集的超链接。通过数据,我们的意思是在文章中报告的调查结果上解释,复制和构建的最小数据集。我们认识到并不总是可以公开共享研究数据,例如当个人隐私可能会受到损害,并且在此类实例中,数据可用性仍应在手稿中以及任何用于访问的条件中陈述。

数据可用性语句可以采用以下形式之一(如果需要多个数据集,则可以采用多种形式的组合):

  • 当前研究期间生成和/或分析的数据集可在[NAME]存储库中获得,[PERSISTENT WEB LINK TO datasets]
  • 在当前的研究中使用和/或分析的数据集可从通信作者在合理的要求。
  • 本研究中产生或分析的所有数据均包含在本文[及其补充信息文件]中。
  • 在当前研究中生成和/或分析的数据集由于[数据不公开的原因]而不能公开,但可在合理要求下从通信作者获得。
  • 数据共享不适用于本文,因为在本次研究中没有生成或分析数据集。
  • 支持本研究发现的数据可从[第三方名称]获得,但这些数据的可用性受到限制,这些数据是在许可下用于当前研究的,因此不能公开获得。但是,如果作者提出合理要求并获得[第三方名称]的许可,则可以提供数据。
  • 不适用。如果您的手稿没有包含任何数据,请在此部分注明“不适用”。

可以使用更多的模板数据可用性语句示例,其中包括公开可用和限制访问的数据集示例在这里

生物医学中心还要求作者引用手稿中论文结论所依赖的任何公开可用的数据。数据引用应该包括一个持久标识符(如DOI),理想情况下应该包括在参考列表中。当数据集出现在参考列表中时,它们的引用应该包括DataCite推荐的最小信息,并遵循期刊风格。包含DOIs的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:


全球综合干旱监测和预测系统(GIDMaPS)数据集。figshare。2014.http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801

在数据和材料的可得性声明中有相应的文字:

在当前研究期间和/或分析期间生成的数据集在[name]存储库中可用,[持久网页链接到数据集]。(参考号)

如果您希望共同提交数据说明,描述您要发布的数据BMC研究笔记,您可以通过访问我们来这样做提交门户.数据注释支持开放数据并帮助作者遵守资助者的数据共享政策。共同发表的数据注释将与数据支持的研究文章(例子).

相互竞争的利益

所有财务和非财务竞争利益必须在这一节声明。

看到我们的编辑政策为了充分解释竞争利益。如果您不确定您是否或您的任何一个共同作者都有竞争利益,请联系编辑部。

请使用作者的首字母表示每个作者在本部分的竞争利益。

如果您没有任何相互竞争的利益,请在本节中注明“作者声明他们没有相互竞争的利益”。

资金

报告的研究的所有资金来源都应该申报。资助机构在研究设计、收集、分析和解释数据以及撰写手稿方面的作用应予以声明。

作者的贡献

作者对手稿的个人贡献应在这一节中说明。作者身份的指导和标准可以在我们的编辑政策

请使用首字母来参考本节中的每个作者的贡献,例如:“FC分析并解释了关于血液疾病和移植的患者数据。RH进行了肾脏的组织学检查,是写作稿件的主要贡献者。 所有作者阅读并认可的终稿。”

致谢

请承认任何贡献的文章,这些人不符合作者的标准,包括任何提供专业写作服务或材料的人。

作者应该从致谢部分提到的所有人那里获得认可。

看到我们的编辑政策完整解释致谢和作者标准。

如果你没有任何人需要确认,请在这部分写上“不适用”。

小组署名(涉及合作小组的稿件):如果您希望协作组的各个成员的名字可以通过他们的个人PubMed记录进行搜索,请确保在标题页和提交系统中包含协作小组的标题,并在“致谢”部分的最后一段包含合作作者的名字。请在名字,中间字母(可选),姓氏的格式中添加作者。如果您愿意,可以为每个作者添加机构或国家信息,但这应该在所有作者之间保持一致。

请注意,当一篇已发表的文章最初被收录到PubMed中时,个人的名字可能不会出现在PubMed的记录中,因为PubMed需要额外的时间来编码这些信息。

作者的信息

本章节为可选章节。

你可以选择使用这个部分来包含作者的任何相关信息,这可能会帮助读者理解文章,并理解作者的立场。这可能包括作者的资格,他们目前在机构或社团的职位,或任何其他相关背景信息的细节。请使用作者的首字母。注意,本节不应用于描述任何相互竞争的利益。

脚注

脚注可以用来提供额外的信息,其中可能包括参考文献列表中引用的参考文献。它们不应该仅仅包括参考文献的引用,也不应该包括参考文献的详细书目。它们也不应包含任何数字或表格。

正文脚注按顺序编号;对于表格,应以上标小写字母表示(或用星号表示显著性值和其他统计数据)。标题脚注或文章作者没有参考符号。

用脚注代替尾注。


参考

温哥华参考样式的示例如下所示。

看到我们的编辑政策对于良好引用实践的作者指导

网站链接和网址:所有的网络链接和url,包括作者自己网站的链接,都应该给出一个参考编号,并包括在参考列表中,而不是在手稿的文本中。它们应该以以下格式提供,包括网站的标题和URL,以及访问该网站的日期。http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do..2013年5月20日访问。如果作者或作者组可以清楚地与Web链接相关联,例如WebLogs,则应包含在参考中。

例子参考风格:

期刊内的文章

史密斯JJ。科学世界。中国科学(d辑)1999;

期刊内的文章(无页码)

Rohrmann S, Overvad K, Bueno-de-Mesquita HB, Jakobsen MU, Egeberg R, Tjønneland A, et al.;肉类消费和死亡率——来自欧洲癌症和营养前瞻性调查的结果。BMC医学。2013;11:63。

作者:jeckny的文章

Slifka MK, Whitton JL。细胞因子产生失调的临床意义。Dig J Mol Med. 2000;doi: 10.1007 / s801090000086。

期刊增刊中的文章

Frumin AM,Nussbaum J,Esposito M.功能性Asplenia:骨髓扫描的脾活动示范。血液1979; 59 SP值1:26-32。

书籍章节,或书中的文章

细胞死亡:凋亡的意义。在:Bourne GH, Danielli JF, Jeon KW,编辑。国际细胞学评论。伦敦:学术;1980.p . 251 - 306。

在线系列的第一章(没有卷号,但有DOI)

对映体过量扩增和手性对称破坏的速率方程方法。Top Curr Chem, 2007。_2006_108 doi: 10.1007/128。

完整的书,撰写

Blenkinsopp A,Paxton P.药房的症状:常见疾病管理指南。3 ed。牛津:Blackwell Science;1998年。

在线文件

J.下级文件的标题。在:物质及其作用的字典。英国皇家化学学会,1999。下属文件http://www.rsc.org/dose/title。1999年1月15日修订

在线数据库

健康观点知识库。美国药典,罗克维尔,1998。http://www.healthwise.org。1998年9月21日通过

补充材料/私人主页

补充材料的标题。2000.http://www.privatehomepage.com。2000年2月22日

大学现场

预印本的标题。http://www.uni-heidelberg.de/mydata.html(1999)。修订日期:1999年12月25日

FTP网站

琐碎HTTP, RFC2169。ftp://ftp.isi.edu/in-notes/rfc2169.txt(1999)。修订日期:1999年11月12日

组织网站

Issn International Centre:ISSN寄存器。http://www.issn.org(2006)。2007年2月20日访问。

具有持久标识符的数据集

郑丽艳,郭晓松,何斌,孙立军,彭勇,董树生,等。来自甜高粱和谷物高粱(高粱二色)的基因组数据。GigaScience数据库》2011。http://dx.doi.org/10.5524/100012

数字,表和其他文件

看到一般格式指南有关如何格式化数字,表和其他文件的信息。

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